Después de varios viajes a Cuba, el Virginius recaló en Jamaica para recoger armamento y varios insurrectos con dirección a la zona de Santiago de Cuba. Entre los pasajeros figuraban destacados jefes del bando rebelde. El Cónsul español en Jamaica comunicó a las Autoridades españolas en Cuba el viaje y el destino.

Varios buques de guerra esperaban al Virginius en aguas cubanas.

Tras un frustrado intento de desembarco, impedido por la presencia de los barcos españoles, el Virginius volvió a intentarlo la noche del 31 de octubre de 1873. Cuando se estaba acercando a la costa fue avistado por el cañonero Tornado de la Armada Española. El Tornado, como el Virginius era un buque confederado; fue comparado por Chile durante la Guerra con España en época de Isabel II a fin de usarlo en corso contra la navegación española, pero fue apresado por la Fragata de vapor "Gerona" el 22 de agosto de 1866 en aguas de las Azores. Tras una larga persecución, el Virginius fue capturado y llevado a Santiago de Cuba.

El Gobernador Militar, de acuerdo con la normativa de Estado de Guerra, ordenó el fusilamiento inmediato de los 4 jefes principales que viajaban a bordo y consejos de Guerra para los restantes 149 tripulantes y pasajeros. La noticia de la captura tardó en llegar a La Habana, pues los insurrectos habían cortado el telégrafo. Cuando se supo, el gobierno ordenó que no se ejecutase ninguna pena de muerte sin ratificación de las Cortes. Sin embargo, en el ir y venir de notas entre Madrid y La Habana, se celebraron los Consejos de Guerra con la condena a muerte de tripulantes y pasajeros. Cuando por fin se supo en Santiago de Cuba la prohibición de los fusilamientos, 53 pasajeros y tripulantes habían sido fusilados, entre ellos varios ciudadanos estadounidenses. Cuando se supo la noticia en EE.UU., se levantó un clamor popular contra el gobierno español pidiendo la guerra. La mayoría de la entonces exigua flota estadounidense se concentró en Cayo Hueso, pero en todo caso era bastante inferior a la flota española. A pasar de la amenaza de intervención armada, los EE.UU. se limitaron a presentar una reclamación diplomática por lo que consideraba un insulto a su bandera. Castelar, Presidente de la República española, amigo del Presidente Grant, propuso una solución. España devolvería el Virginius a EE.UU. y, si se demostraba que estaba legalmente abanderado, se saludaría la bandera en señal de desagravio.

Pero si se demostraba que el abanderamiento en EE.UU. era ilegal y escondía propósitos de suministrar a los rebeldes cubanos, EE.UU. devolvería el Virginius y no se saludaría a la bandera de EE.UU. Cuando la orden de devolver el barco a las autoridades estadounidenses llegó a Cuba, se produjo un conato de rebelión militar que fue a duras penas sofocado por las autoridades, incluido un ministro de la República. Cuando se entregaron el barco y el resto de los ciudadanos estadounidenses, se hizo en silencio y lejos de la ciudad de Santiago de Cuba.br> La comisión de investigación estadounidense, dictaminó que el Virginius llevaba ilegalmente la bandera de los EE.UU. y, por tanto, España había apresado correctamente el buque. Sin embargo España no recuperó el barco que, antes de la entrega, se hundió misteriosamente durante la navegación. España solicitó una indemnización y que los EE.UU. impidieran la realización de actividades cubanas en suelo de los EE.UU., pero lo único que a la postre se consiguió fue no saludar a la bandera americana.

Por dos años más tarde, además, se produjo otro intento intervencionista de los EE.UU. Se trata del asunto del documento 266. El Secretario de Estado Hamilton Fish envió una nota, registrada con el número 266, al embajador en Madrid señalándole que si España no ponía fin a la guerra con los cubanos, no quedaría otro remedio a los EE.UU. que intervenir militarmente. Lo grave de todo era que se había enviado copia de este documento a todas las embajadas estadounidenses en Europa.